Tužitelj Aziz Jahjaefendić je najprije pročitao izmijenjenu optužnicu, rekavši da je riječ o sitnim i formalnim izmjenama, ali odbrani nije promaklo da je optužnica zapravo reducirana. Čović se tako više ne tereti za potpisivanje i donošenje, već samo za donošenje spornog akta kojim je firme porodice Lijanović, navodno, oslobodio plaćanja 1,8 milion KM carinske takse na uvoz piletine.
Tužilaštvo Kantona Sarajevo je od Suda BiH naslijedilo „vrući krompir“, kako je ovaj predmet nazvala glavna kantonalna tužiteljica Nives Kanevčev, dok advokati Zdravko Rajić i Davor Martinović brane Čovića još od 2005. godine, kada je i počeo proces pred Sudom BiH.
Uz Čovića su tada za organizovani kriminal, zloupotrebu položaja, uzimanje mita i utaju 38,7 miliona KM uvozne takse su bili optuženi i: Jozo, Jerko, Mladen i Slavo Ivanković Lijanović, vlasnici Mesne industrije Lijanović iz Širokog Brijega, tadašnji predsjednik Ustavnog suda BiH Mato Tadić i advokat Zdravko Lučić, za kojeg je tužilaštvo tvrdilo da je posredovao u davanju mita.
Tokom suđenja je utvrđeno da su 2000. godine dvije firme Lijanovića zatražile od Filipa Andrića, tadašnjeg direktora Carinske uprave FBiH (CU) koja je bila podređena Čovićevom ministarstvu finansija, oslobađanje plaćanja takse na uvoz pilećeg separata. Andrić je dozvolio uvoz bez takse, pozivajući se na dva dokumenta sa faksimilom (pečatom) Čovićevog potpisa, a firme Lijanovića su tako izbjegle plaćanje 38,7 miliona KM uvozne takse.
Čović je napustio ministarstvo 2001. godine, a novi direktor CU-a Slavko Sikirić je pokušao naknadno naplatiti taksu od Lijanovića i pokrenuo upravni postupak. Vrhovni sud FBiH je nizom presuda naredio da Lijanovići moraju platiti. Spasio ih je Ustavni sud BiH koji je ukinuo ove presude, zbog čega je suđeno i predsjedniku Ustavnog suda – Tadiću. On je zbog nedostatka dokaza oslobođen optužbi, kao i braća Lijanović i advokat Lučić, dok je nepravosnažno osuđen jedino Čović.
Osuđen je na temelju samo jednog od dva sporna dokumenta sa faksimilom njegovog potpisa na osnovu kojeg su Lijanovići izbjegli platiti 1,8 miliona KM. Sud BiH nije ni razmatrao drugi dokument, gotovo iste sadržine, na osnovu kojeg je izbjegnuto plaćanje dodatnih 36,9 miliona KM takse, jer u Ministarstvu finansija FBiH nije nađen njegov original – samo fotokopija.
Vijeće Suda BiH se u žalbenom postupku proglasilo nenadležnim, a niz dokumenata iz spisa je izgubljen u toku dvogodišnjeg prijenosa dokaznog materijala na kantonalni nivo, o čemu je CIN ranije pisao.
Upravo je nepoštivanje zakona i precedura pri prijenosu dokaza bio jedan od najistaknutijih argumenata Čovićeve odbrane koja je puna dva sata sistematski osporavala sve detalje optužnice, kao i zakonitost sudskog postupka u cjelini. Odbrana je istakla da nad dokazima nije obezbijeđen nadzor, pa je njima i bilo moguće manipulisati, dok je dio materijala izgubljen ili skriven, čime je ugroženo Čovićevo pravo na pravedno suđenje, zagarantovano Ustavom BiH.
Taktika odbrane se sastojala u diskreditaciji ključnog svjedoka Filipa Andrića i tvrdnji da zakon ne bi bio prekšen čak i da je Čović zaista donio sporni akt, jer on nije bio obavezujući.
Ponovljeno je da je Čović na dan donošenja spornog dokumenta bio u Zagrebu, a optužbe da je mjesecima ignorisao upozorenja drugih državnih institucija o nezakonitosti donesenog akta nazvane su neutemeljenim.
Optužnicom nije precizirano prema kojim je zakonskim odredbama Čović bio dužan povući sporni akt. Ovaj akt je Andrić lako mogao ignorisati, kao i njegov nasljednik Sikirić koji ga je jednostavno stavio van snage, što osporava tvrdnju tužioca da je riječ o obavezujućem aktu.
Optužnica je nezakonita i zato što tužilac nije cijenio i dokaze koji govore u korist optuženog niti ga je ispitao prije podizanja optužnice, što je bilo obavezujuće prema Zakonu o krivičnom postupku, rekao je Rajić. Advokati su rekli da je ključni svjedok Andrić bio najprije osumnjičeni u predmetu, a status ključnog svjedoka je dobio nakon što je inkriminirao Čovića.
Odbrana je istakla i dopis Tužilaštva BiH u kojem je rečeno kako cjelovit popis dokaza nije urađen prilikom transporta predmeta kantonalnim tužiocima. Također, naveden je i dopis Suda BiH u kojem je Čovićevim advokatima odgovoreno da nisu pronađeni traženi protokoli CU-a, iako su korišteni kao dokazi odbrane tokom prvog suđenja. Odbrana je navela i praksu Ustavnog suda BiH koji je u jednom predmetu zauzeo stav da je ovakvo nezakonito postupanje sa dokaznim materijalom dovoljan razlog za odbacivanje optužbe, jer nije obezbijeđeno pravedno suđenje i nadzor nad dokazima.
Odbrana je, također, tvrdila da tužilaštvo nije provjerilo činjenicu da li se pileći separat uopšte nalazi na listi artikala na koje se plaća uvozna taksa te da nikad nije utvrđena nikakva šteta po budžet, jer bi u suprotnom ona naknadno bila i naplaćena.
Predsjednik Sudskog vijeća Jasenko Ružić je najavio da će Vijeće izreći presudu već u ponedeljak, 7. maja 2012. godine.
