Sudski zvaničnici i drugi kažu da je zaštita svjedoka najveći izazov s kojim će se suočiti sudski sistem. I dok Vijeće za ratne zločine pri Sudu BiH ima program zaštite svjedoka tokom suđenja, većini ratnih zločinaca će biti suđeno na okružnim i kantonalnim sudovima koji ne pružaju gotovo nikakvu zaštitu.