Odluka je donesena na prijedlog dosadašnjeg upravitelja Fabijanića koji je bezuspješno pokušavao pronaći potencijalnog investitora za prodaju, spajanje, pripajanje ili dokapitalizaciju Banke. U priopćenju iz Agencije za bankarstvo je navedeno kako Banka nije ispunila minimalne zakonske uvjete za poslovanje.
Prema podacima iz Banke, Hercegovačka banka je osnovana 29.12.1997. godine sa ulogom od oko 22 miliona maraka, a na dan 30.9.2008. godine na kapitalu su bilježili minus od oko 16 miliona maraka. Banka ima udjele u: Hercegovina osiguranju d.d. Mostar, Hercinus d.o.o. Mostar u kojem je likvidacija zaključena, Croherc AG d.o.o. Mostar koji je u stečaju i IF Herbos fondu d.d. Mostar.
Od imovine Banka posjeduje i objekat Naftnog terminala Dretelj koji je stekla naplatom potraživanja. Vlada Federacije BiH je 7.9.2006. godine donijela odluku kojom je taj objekat dat na korištenje gospodarskom društvu za skladištenje tečnih goriva „Terminali Federacije“ d.o.o. Sarajevo.
Privremena uprava je u Hercegovačku banku uvedena odlukom visokog predstavnika za Bosnu i Hercegovinu Wolfganga Petritcha, u aprilu 2001. godine. Za prvog privremenog upravitelja je imenovana Toby Robinson. Njezin je mandat okončan u decembru 2006. godine, a nadležnost privremene uprave je prebačena na Agenciju za bankarstvo koja je za novog upravitelja postavila Nikolu Fabijanića, diplomiranog ekonomistu iz Tuzle.
U izvještaju Toby Robinson je navedeno da je privremena uprava uvedena zbog sumnje u netransparentno poslovanje Banke i zloupotrebu javnih sredstava. Privremena uprava je otkrila da sav kapital Banke potječe od uplata Vlade Hrvatske prema Vladi BiH. Novac je bio namijenjen hrvatskoj komponenti u okviru Oružanih snaga za isplatu plaća obiteljima poginulih i demobiliziranih boraca. Dio od 647 miliona KM je iskorišten u tu svrhu, a najmanje 216 miliona maraka je preusmjereno u druge svrhe.
Banka je imala 30 poslovnica i najveći prijavljeni kapital od svih banka u BiH. Po veličini je bila druga institucija vezana za unutarnji platni promet i u njoj se nalazio naveći dio vladinih sredstava, namijenjih hrvatskom dijelu Federacije na svakom nivou. Hercegovačka banka je kontrolirala sredstva u približnoj vrijednosti od oko 250 miliona maraka, sa godišnjim prihodom od 198 miliona maraka i 675 zaposlenih osoba u Hercegovini. Lošim poslovanjem, preusmjeravanjem novca i davanjem bespovratnih kredita, ova banka je dovedena do pred stečaj.
Centar za istraživačko novinarstvo (CIN) je u martu 2010. godine objavio da su novcem Hercegovačke banke, u iznosu od 2,1 milion maraka, kupovani su stanovi stranačkim funkcionerima i vladinim službenicima.
Zbog Hercegovačke banke na Sudu Bosne i Hercegovine je sredinom oktobra 2004. godine na pet i po godina zatvora osuđen Miroslav Rupčić, tadašnji pomoćnik ministra odbrane FBiH. Činom pomilovanja člana Predsjedništva BiH Nebojše Radmanovića, Rupčiću je smanjena zatvorska kazna za godinu dana.
